Sous l'impulsion du curé Joseph Filion qui souhaitait doter sa paroisse de la plus haute église de Nouvelle-France, l'église actuelle est venue remplacer une première modeste église de pierre ouverte en 1718 sur le cap Santé. Il s'agit de la première église paroissiale rurale à deux tours du Québec, dont la construction a été interrompue par la guerre de Sept Ans faisant passer la Nouvelle-France aux mains des Britanniques. De 1859 à 1861, la réalisation du décor intérieur néoclassique de Raphaël Giroux, ancien élève de Thomas Baillairgé, vient remplacer les ouvrages réalisés par l'atelier de Louis-Amable Quévillon entre 1803 et 1807. Orgue Napoléon Déry installé en 1880.
